Detyra kryesore e kësaj zyre është kontrolli, siguria dhe kualitetit i punëve operative karshi rregulloreve dhe vendimeve që janë në fuqi dhe që rregullojnë mbarëvajtjen në sektorët kyç të Trainkos Sh. A.
Kjo Zyre, në bazë të vendimit të Bordit të Drejtoreve të Trainkos Sh. A, do t’i raportojë direkt KE-së.
Zyra e Kontrollit, Sigurisë dhe Kualitetit udhëhiqet dhe menaxhohet nga Udhëheqësi i Zyrës i cili ka përgjegjësi të plotë profesionale dhe ligjore për menaxhimin e Zyrës të Prokurimit
Fushëveprimi i kontrollit të kësaj zyre do të përfshijë sektorët e mëposhtëm:
- Kontrolli në Sektorin e Transportit të Udhëtarëve (TU)
- Kontrolli në Sektorin e Transportit të Mallrave ( TM)
- Kontrolli në Sektorin e Mirëmbajtjes së Lokomotivave dhe Trenave Motorikë dhe Vagonëve
- Kontrolli në Sektorët administrativ, procedural
Fushat të cilat i kontrollon kjo zyre janë të ndërlidhura më Rregulloret dhe Udhëzimet që janë në fuqi dhe të cilat rregullojnë çështjet operative dhe funksionale të sektorëve të lartpërmendur.
Struktura e Organizimit të kësaj zyre është ndërtuar që të behët kontrollimi këtyre fushave;
- Kontrolli i të hyrave që krijohen nga Transporti i Mallrave; kontrollohet procesi nga moment i fillimit të transportit deri në momentin e kalkulimit të të hyrave dhe bëhet aprovimi i këtij procesi dhe dokumentacionit para se të dërgohet në sektorin e financave për krijimin e faturës shitëse.
- Kontrolli i të hyrave që krijohen nga Transporti i Udhëtarëve; kontrollohet procesi i shitjes së biletave, qoftë shitja që bëhet në tren nga ana e konduktorëve, po ashtu edhe shitja e biletave që bëhet nga stacionet.
- Kontrolli i mjeteve lëvizëse që gjenden në operim; me anë të këtij kontrolli bëhet kontrollimi i të gjitha mjeteve lëvizëse (lokomotiva, trena motorikë dhe vagonë) që gjenden në operim, nëse i plotësojnë kushtet për operim sipas kërkesave të rregulloreve dhe udhëzimeve në fuqi.
- Kontrolli i procesit të transportit të mallrave dhe të udhëtarëve nga aspekti i dokumentacionit transportues; më anë të këtij kontrolli bëhet kontrollimi i dokumentacionit i cili përcjell trenat e mallrave dhe udhëtarëve gjatë lëvizjes së tyre, si dhe relacionet që krijojnë këto lëvizje në stacionet e trenave.
- Kontrolli i personelit në trena nëse janë të pajisur me pajisjet e nevojshme dhe të informuar sipas kërkesave të rregulloreve të caktuara.
- Kontrolli i nivelit të shfrytëzimit të mjeteve lëvizëse në operim si dhe i personelit në trena.
- Kontrolli i nivelit të mirëmbajtjes së mjeteve lëvizëse.
Përveç funksioneve kyçe të kontrollit që u përmenden me lartë, zyra e kontrollit ka edhe kontrolle tjera që i bën sipas nevojës që paraqitet brenda sektorëve të lartpërmendur apo ndonjë kërkese të veçantë nga menaxhmenti dhe KE-ja.